Add files via upload

src/assignment.py

src/classify.py

src/compute_masses.py

src/config.py

src/fasta_parsing.py

src/homology.py

src/limit.py

src/marker_filtering.py

src/markers.py

src/mass_spectrum.py

src/peptide_table.py

src/sequences.py

src/supplement.py

src/taxonomy.py

src/test_json.py

src/utils.py