fix ref diploide yeast

Snakefile

@@ -14,6 +14,7 @@ DEPTH_SIM="400"
 MODEL="R103.model"
 ERROR_SIM=[1,2,5,10,15,20,25,30]
 ID_SIM=["del","ins","sub","mixte"]
+SEED="123456"
 
 THREAD="24"
 READS_HIFI="SRR11434954.fastq.gz"
@@ -407,7 +408,7 @@ rule ref_diploide :
     conda:
         "env_conda/python3.yaml"
     shell:
-        './src/sequence_consensus.py -I -in {input} -t 0 >{output} 2>{log}'
+        './src/sequence_consensus.py -I -in {input} -t 100 >{output} 2>{log}'
 
 rule configuration_file_diploid_yeast_data:
     input :
@@ -736,7 +737,8 @@ rule simulated_data_del :
         'PREFIX=`echo {output}|sed "s/_0001.fastq//"`;'
         'RATIO=00:00:100;'
         'DEPTH='+ DEPTH_SIM +';'
-        'pbsim {input.ref} --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
+        'SEED='+ SEED +';'
+        'pbsim {input.ref} --seed $SEED --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
 
 rule simulated_data_ins :
     input :
@@ -755,7 +757,8 @@ rule simulated_data_ins :
         'PREFIX=`echo {output}|sed "s/_0001.fastq//"`;'
         'RATIO=00:100:00;'
         'DEPTH='+ DEPTH_SIM +';'
-        'pbsim {input.ref} --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
+        'SEED='+ SEED +';'
+        'pbsim {input.ref} --seed $SEED --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
 
 rule simulated_data_sub :
     input :
@@ -774,7 +777,8 @@ rule simulated_data_sub :
         'PREFIX=`echo {output}|sed "s/_0001.fastq//"`;'
         'RATIO=100:00:00;'
         'DEPTH='+ DEPTH_SIM +';'
-        'pbsim {input.ref} --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
+        'SEED='+ SEED +';'
+        'pbsim {input.ref} --seed $SEED --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
 
 rule simulated_data_mixte :
     input :
@@ -793,7 +797,8 @@ rule simulated_data_mixte :
         'PREFIX=`echo {output}|sed "s/_0001.fastq//"`;'
         'RATIO=23:31:46;'
         'DEPTH='+ DEPTH_SIM +';'
-        'pbsim {input.ref} --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
+        'SEED='+ SEED +';'
+        'pbsim {input.ref} --seed $SEED --hmm_model {input.model} --depth $DEPTH --difference-ratio $RATIO --accuracy-mean 0.$ACCURACY --prefix $PREFIX >{log} 2>&1'
 
 rule configuration_file_simulated_data:
     input :