diff --git a/README.md b/README.md
index 89b99d3e060bbc74c76b4691181d83308e0f56c4..53170a0b3f57a75a3577fa4cd23fb04c8729a07e 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -1,92 +1,28 @@
-# IndexKmerToRead
+## Compile
 
+make
 
+## Launch 
 
-## Getting started
+#### Arguments :
 
-To make it easy for you to get started with GitLab, here's a list of recommended next steps.
+- Fasta file (reads) : path to the fasta file containing reads
+- K-mer length
 
-Already a pro? Just edit this README.md and make it your own. Want to make it easy? [Use the template at the bottom](#editing-this-readme)!
+Used to create the index.
 
-## Add your files
+#### Options :
 
-- [ ] [Create](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/repository/web_editor.html#create-a-file) or [upload](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/repository/web_editor.html#upload-a-file) files
-- [ ] [Add files using the command line](https://docs.gitlab.com/ee/gitlab-basics/add-file.html#add-a-file-using-the-command-line) or push an existing Git repository with the following command:
+- Fasta file (containing 1 kmer to search it in the index)
+- Fasta file (containing 1 sequence, to search and count kmers in the index)
+- Fasta file (containing a list of sequences, to search and count all the kmers in the index)
 
-```
-cd existing_repo
-git remote add origin https://gitlab.cristal.univ-lille.fr/lvandamm/indexkmertoread.git
-git branch -M main
-git push -uf origin main
-```
+<code>
+./index [Fasta file (reads)] [Kmer length] -k [Fasta file (1 kmer)] -s [Fasta file (1 sequence)] -f [Fasta file (several sequences)]
+</code>
 
-## Integrate with your tools
+Example :
 
-- [ ] [Set up project integrations](https://gitlab.cristal.univ-lille.fr/lvandamm/indexkmertoread/-/settings/integrations)
-
-## Collaborate with your team
-
-- [ ] [Invite team members and collaborators](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/members/)
-- [ ] [Create a new merge request](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/merge_requests/creating_merge_requests.html)
-- [ ] [Automatically close issues from merge requests](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/issues/managing_issues.html#closing-issues-automatically)
-- [ ] [Enable merge request approvals](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/merge_requests/approvals/)
-- [ ] [Automatically merge when pipeline succeeds](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/merge_requests/merge_when_pipeline_succeeds.html)
-
-## Test and Deploy
-
-Use the built-in continuous integration in GitLab.
-
-- [ ] [Get started with GitLab CI/CD](https://docs.gitlab.com/ee/ci/quick_start/index.html)
-- [ ] [Analyze your code for known vulnerabilities with Static Application Security Testing(SAST)](https://docs.gitlab.com/ee/user/application_security/sast/)
-- [ ] [Deploy to Kubernetes, Amazon EC2, or Amazon ECS using Auto Deploy](https://docs.gitlab.com/ee/topics/autodevops/requirements.html)
-- [ ] [Use pull-based deployments for improved Kubernetes management](https://docs.gitlab.com/ee/user/clusters/agent/)
-- [ ] [Set up protected environments](https://docs.gitlab.com/ee/ci/environments/protected_environments.html)
-
-***
-
-# Editing this README
-
-When you're ready to make this README your own, just edit this file and use the handy template below (or feel free to structure it however you want - this is just a starting point!).  Thank you to [makeareadme.com](https://www.makeareadme.com/) for this template.
-
-## Suggestions for a good README
-Every project is different, so consider which of these sections apply to yours. The sections used in the template are suggestions for most open source projects. Also keep in mind that while a README can be too long and detailed, too long is better than too short. If you think your README is too long, consider utilizing another form of documentation rather than cutting out information.
-
-## Name
-Choose a self-explaining name for your project.
-
-## Description
-Let people know what your project can do specifically. Provide context and add a link to any reference visitors might be unfamiliar with. A list of Features or a Background subsection can also be added here. If there are alternatives to your project, this is a good place to list differentiating factors.
-
-## Badges
-On some READMEs, you may see small images that convey metadata, such as whether or not all the tests are passing for the project. You can use Shields to add some to your README. Many services also have instructions for adding a badge.
-
-## Visuals
-Depending on what you are making, it can be a good idea to include screenshots or even a video (you'll frequently see GIFs rather than actual videos). Tools like ttygif can help, but check out Asciinema for a more sophisticated method.
-
-## Installation
-Within a particular ecosystem, there may be a common way of installing things, such as using Yarn, NuGet, or Homebrew. However, consider the possibility that whoever is reading your README is a novice and would like more guidance. Listing specific steps helps remove ambiguity and gets people to using your project as quickly as possible. If it only runs in a specific context like a particular programming language version or operating system or has dependencies that have to be installed manually, also add a Requirements subsection.
-
-## Usage
-Use examples liberally, and show the expected output if you can. It's helpful to have inline the smallest example of usage that you can demonstrate, while providing links to more sophisticated examples if they are too long to reasonably include in the README.
-
-## Support
-Tell people where they can go to for help. It can be any combination of an issue tracker, a chat room, an email address, etc.
-
-## Roadmap
-If you have ideas for releases in the future, it is a good idea to list them in the README.
-
-## Contributing
-State if you are open to contributions and what your requirements are for accepting them.
-
-For people who want to make changes to your project, it's helpful to have some documentation on how to get started. Perhaps there is a script that they should run or some environment variables that they need to set. Make these steps explicit. These instructions could also be useful to your future self.
-
-You can also document commands to lint the code or run tests. These steps help to ensure high code quality and reduce the likelihood that the changes inadvertently break something. Having instructions for running tests is especially helpful if it requires external setup, such as starting a Selenium server for testing in a browser.
-
-## Authors and acknowledgment
-Show your appreciation to those who have contributed to the project.
-
-## License
-For open source projects, say how it is licensed.
-
-## Project status
-If you have run out of energy or time for your project, put a note at the top of the README saying that development has slowed down or stopped completely. Someone may choose to fork your project or volunteer to step in as a maintainer or owner, allowing your project to keep going. You can also make an explicit request for maintainers.
+<code>
+./index input_files/phage_5kb_10percent.fa 15 -k input_files/kmer.fa -s input_files/sequence.fa
+</code>
\ No newline at end of file
diff --git a/headers/index.h b/headers/index.h
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..08751443edb3d1808abf727eef0fd386ce11ca52
--- /dev/null
+++ b/headers/index.h
@@ -0,0 +1,38 @@
+#include <iostream>
+#include <unordered_map>
+#include <vector>
+#include <string>
+
+using namespace std;
+
+struct occ_in_read {
+            int total_count;
+            int read_id;
+        };
+
+typedef unordered_map<string, vector<int>> umap;
+typedef vector<occ_in_read> vect_occ_read;
+
+class Index{
+
+    private:
+        string filename;
+        int k;
+        umap index;
+        uint32_t nb_kmers;
+        
+    public:
+        Index(string& filename, int k);
+
+        void set_index(umap& index);
+        umap get_index();
+
+        void set_nb_kmers(uint32_t index);
+        uint32_t get_nb_kmers();
+
+        void index_fasta(const string& filename, int k);
+        vect_occ_read query_sequence(const string& sequence);
+        vector<int> query_kmer(const string& kmer);
+        vect_occ_read query_fasta(const string& filename);
+        void write_index(const string& output_file);
+};
\ No newline at end of file
diff --git a/headers/utils.h b/headers/utils.h
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..b06019741922a936819aea30a711dd442964b6a6
--- /dev/null
+++ b/headers/utils.h
@@ -0,0 +1,7 @@
+#include <iostream>
+#include <string>
+
+using namespace std;
+
+string seq_from_fasta(const string& filename);
+uint64_t getMemorySelfMaxUsed ();
\ No newline at end of file
diff --git a/input_files/fasta.fa b/input_files/fasta.fa
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..d162aacadb8428ec4b8bfafa9f9e4100cdf44dce
--- /dev/null
+++ b/input_files/fasta.fa
@@ -0,0 +1,22 @@
+>0
+AACCTGGTAGTAGAGCAATGGTTTCAATCATGTACGTAAGTGTTACGCCATGCGCTCCTGAAACTCAACATCGTCATCAAACGCACGGGAATGGATTTTTTGCAGGCCCCGTGGCGTGGCAAATCGCCGATGCATAGCGATTCAAACAGGGGCTGGGGCAGGATTTTTCCATGTCGTCTGCCGTTTGCGCTTTCTCTTGCACGGGCGAGCGGCTGGTAGTGACGCGCCAGTGTGAGCTCAAGACGATCCTGAATGTAATAAGCTTTGGCTGAACTCGTGAAATAGTGTGAAAATATCGCCCGCGATATGGCGGGCTGATTAGTAAACCGGAAAGGGGGTTAGAAAGTGCTTTTGCTTGATCTCGTTTCAGTATTAATATCCATTTTTTATAAGCGTCGACGGCTTCACGAACATCTTTTCATCCCATAAAATGGCGATATGAATTTAGTCTGGATAGCCATAAGGTTTGATCCATTCTCGGGTCCTGGCTGATAAATTATGTCTAAGGCGTTTCAATCGTACACGTAATTTACGGGTGATCTTCAAGTAAAGATTCGGCAGGGCAGAGCAACATGCCACCCTGCAATGGCATATTGCATGGTTGCTCCTTTTTATCATAACAAAAACGCCTCGGAAGCGTTATTGGTATGCGGTTAAACCGCACACAGCGGCCTTGATAGTAATATCTGACAAATATTCCTGATGTATCGATATCGGAATTCTTATTCCTTCGCTACCATCCATTGGAGATCTTCCTGACATTCCATCATTCCAGCGACTCACACACAACACCAATGGATTTAAGTCGCTTGAAATTGCTATAAGCAGAGCATGATGCCAGCATGATAATCGCATTTAATACAGAGCCGTGTTTATTGAGTGGTATTGAGAGTCTGACCAGAAATTATTAATCTATGAATTTTTTCTCTGTACTTACGTCATGTTCATTTCAATTTCCATCGATGCTTTCAATCGTATCAACGATGTAGGTTTTTGATGTTGCCATCTGTTCATATCCTCAGAGTAAAAATCGCCCTCACACTGGGGATCAAAGAAGATTTCCAATAAGTCCGAACAAGTCGTCTCCTGTGTAGTTCGAGCCGACATTGCTCCGTGTAATTCCCTCGTTGGAATGAGATACACAGTGTCAGTATTTATTCTGTACTTATCCAAATAAGGCCATATCAGGCAGCTTTGTTGTTCTGTTTACCAGTTCTCTGGCAATCTTCACGTCGTTCGTATTGCCATTTAGTCGACATATTTCCATCTTCATTCAGGAAACATTTCTTCAGGCGTAACCATGCATTCGGATTGCGTGCATCCATGCATCGCTTGAATTGTCCACACCATGATTTTTCATAGTCGTAGCATACGGATAGTCCTGGTACTGTTCCATCACCCCTGAGTGCTCTTCGAACTCTTCAATTCTTCTCCATATATCACCTTCAAAGTGGATTGGGGTATAAAGTTGTGCCTGCTTTTAACCACATCAGGGGTTCTCGGGTACCCCTCAGCGAGAAACGGATAAACTATTAATACCCCTACAGTTTGATAGATAGAATATAGGATCCACTCGTTATCCTCGGACGAGGGTCCAGAATGAACCCTGAGAAGAACCATGTATATGATCGTTATCTGGGTTGGACTCTGCTTTTAAGCCCAGATAACGGCTGAATATGCTAATGAGAGAATAGGTATTCCTCATCTGTGTCAGTTTTCGTCTTGCTCTTGTAATTTCGCAGAATTAATGTGCATGTTATCAGCTATTGCCAGCGCCAGATAAAAGCATTTTAGCTCAGAAAAGCATAAGATCCCAAAGCGACAAAGTAATCAGTAATTCAAAACCTTACAGAAGAGCATTTTGGTTTGTGCGCAGCCTTATGAAGGCAGGAAGTATGTGTTACATACACAACATTCCAACATTAGTGAGTTGATGAGCTTGGTGTGTTGACAATTTTTCCACGATGGAATGGAAAGCATACATATTCTTATTGAGGATATTTTCTGGACTGTAGTTGCCAGCTATGATCCATATAATATTGAGATAAAGTCAAGGCCAATATCTAAGTAACTAGTAAGAATCGATTTCCCTTTATTTCTGGCGTCCACTTCATGTTATGCCGCGTTCGCCGGCTTGCTGTACCATGTGCGCTGATTCTTGCGTCAATACGTTGCAGGTGCTTTCCATCTGTTTGTGCTATTCACCAGACTAAAGGTCACCGGATTTTGTGCGCTTTCTACTCGTGATTTCGGTTGCGATCAGCGAGTAGATAGGGCGGTTAACTGGTTTTGCGCACCCAACCAACGGGGATCTGCTGCTTTCCATTGAGCTTTTTCTCTTCGCGACGTACGAGCGGGCGTGTTTGTGCATCCATCTGGATTCTGCTGTCAGATAGCTTTGGCGGTGTGTGTCAGTTGTGGTCCTGAAAGAAAACCCCCCGCGATTGGCACATTGTCTGCAACCGGAATCGCACTTACTGCCAATGCTTCGTTTCGTATTACACACCCCTCAGGCTTCTTCTTTGAATGCCCCTTCTCCAGGGCTTAATTTTTAAGAGCGTCACTTCATGTGATCAGTGCGTCCTGCTGATGTGCTCAGTATCACCCCAGTGGTATTTATGTCACCAGCCAGAGATTTTATCACCGCAGATGGTTACGGTATGTTTTTATATGAATTTATTTTTTGCAGGCGGGCATTGTTTTGGTAGGTGAGATCTGAATTTGCTATGTTTGTGAGTTGTATCTATTCTATTATTCAATAAATACAAGGGTTTGTGTTTTGGGGGCGATCGTGAGGCTAAGAAAACCCGAGCGCTGAGGCTCGGGTATTCGTTCTCTGGTCAAATTATATAGTGGAAAAAAAGGATGCTATATGAATAAACGATGCAGAGGCAATGCCGATGGCGATAGTGGGTATCATGTAGCCGCTTAGCTAAAGAAACAATAACCCGCAGAGAAATCAAGCTCCAGTCAAGCAAAACTAAGGGCATAGACAATAACTACGAACGTCATATACCCATACTCTCTATCTTGGCCAGTCGGCGCGTTCTGTTCCGATTAGAAACGTCAAGGCAGCATCAGGATTGCGATCATGGTTCCTGCATATGATGACATGTCGCCCCAAGCCATCCTAGAGCTGCAAAAGAAACACCGAATGTAGTGGCGAAAAGAAGATAGCAAATGATTACGATAAGTACTAAATTACTATGTAAACACCGGCATGATTCTTTCCGATAATTACTCCTGAAATTAGATCCTTAACTTTGCAACCAGCTTTTTAAACATTCCAATATATCACTTTTCTTCTTGCGTAGCATATGCCTCTCTTCAGCTATCTCAGATTGGTGACCTTCTACAGCGGCGCTGAGAGATGGCCTTTTTCTGTAGATAATGTTCTGTTAAATTCTCCGGCCTCATCTTTTGCCAGCAGGTTAATGTCTAAAATTGAGGTGAGGGGTTAAAATAATATCCATGGAACCTTTTTTATATCCCTTTTAAATTTGGCTTAGTGACTATATCCAATAGTCAAAAAGCTCCCCGTCAACATCTGTTGCCCCGACTTTAATATATCGCCAATACAGGTAGCTTGGCTTCTACCTTCGACCGTTGTTCGGCCATGAATGCACTGCATAACATCGTCTTTGGTGGTTCCCTCATCAGTGGCTCTTCAGACCTCGCTCTCCACTGAATGACACTCCTTTCCCGATTGAAAAATCTCTCAGATCGGTGTGTCGGCCCGAAAACGTTCTGCAAAACCCAGGTGTCGCTTTAACAAACAAAAAAGATAGGGAATCCCAATGATCGTCATCTAGCGAGGCTGTCTTAATATCTTTAACTGAAGCTTTAGAGTGATTTATCTTCTAAACCAGACTTTTTCATTTGTTTGGTAAAGCGAAAAGTTTTCTTCGATTTATGAATATACAAATAATGGAGCAACCAGCAGGGATGATTATCAGCCAGCAAGAATTCAGAGCAGACAGGTTTATAAGCGTAATCATTCCCTTATTTTTCGCTGCGGTGGCGATAAAAACCATTCTATCATATTCAATCCATTTACTATGTTACGTTCAAGGGGAGTGAAAATTCCCCCTAATGTCGACGAAGATTCTTGCTCAATTGTTATCAGCTATGCGCCGACCAGTAACACCTGCCGATCACCCAAAAGTCTCTTCAGGCCACTGATAGCGATAACTTTCCCCACAACGGAACAACTCTCATTGCAAGGGATCATGGGTACTGTGTGTTAAGTGTTGTAAAAACACCTGACTATCCCTGATAGTCTCTTGAGGTAAACTCATCACCCCCAGATCTGGCTATGCAGAAAACACATGGCTCAACAGCCTGCTCAGGGTAACGAGAATTAACATTCCGTCAGGAAAGCTTGGCTTGAGCCTGTTGGCGGTCATGGAATTACATCAACCTCAAGCCACAATGCAGAATCACTGGCTTTTTTGGTTGTGCTTACCCATCTCTCCGCATCACCTGGGTAAGGTTCTAGCTCAGTGGGACATACCTGCGAACATGAGAAAAAACGGGATATTCATACTCACTTGTAATGACGGCTGCATACTAACCGCCTTCATCATCTCGTACATTCTCTAGCGATTGATTGCGTAATTCTTCAACGCTAACTTTGTGAATTTTTGCACAATGCGGCGTTATAAGCTTTATTGCTTGAAGCCATAATAAGCACCAACGCCGGACTGCCCCATCCCCATCTTGTCTGACAGAT
+>1
+GTCGGATCGTTCCGGATTGCCGCACCGGCAGCACCGTCGAGGATTGAGCTGACGCCGGGCTATTTTCAGATTACCGCCACGCCGCATCTTGCCGTATGCCCGACGGTACGTTATGAGATCTGGTTCTGGATAAGGCGATTGCGGATATCAGACAGTTGAAACAGCACGCGTTACTTGGTACGGCGCTGTAGGATAGCCGCCAGTATCAATATCAATCGGGCCATGATTATTACTTTTATTATCCGCTGTGTGAACTCCGTTGGAAATGGCATTCGTGCAGGCCGTCGGCTATGGGCGAGCGATGATGAGAAGGTACCTGCTTTTTTCTAAAGGCAAATAACCGAATCCCGTTGGCAAGGAGCTGCTGGGAAAGTCGACTGACGGAGCAACGCCAGCAGACTGGAGGATTTCGAAAGAGTGGATGGATGCCAGTTATAAGTGAATGCCATGTGGGTCAAAACTGAGAGTACAAAGACTCAAACATTATGACGCGGGTATTGGCCTCTGCATGGAGGACACGGAGGAAGGCAAGTGTCCAGTTTCTGGTTGCCCACCGAATGATTTATTGACCGGCAAACGGGCATGAAACGCGATGTGTGGCGCCTGGCAACCAAGATATTATGAACGACTGCTTCCGAAGCGCCTGACGGCCCCACCAGACCAGCGGCGCAATCCTCGGCCTTTCCCTACACCGGACAGAAAGCTGACCGCTAAAATCGCGGATATCAGTGGTAGTGTGAACTGCGAACTCCGGACGCTCAGTATGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACGGTGCGCTGAGGGCGGAAAAAATGGTCGGGCTTGTAAAGGCCAGTGCGGATTATCCGCCAGCGTAAAGCAGTGTTGGACTGGCCGTCAGGTACCCGTACTGTCACCATAACCATGACCATCGTTTTGATCAGATAGTGATGCTTCGCTGACGTTTCGCGGAAGTAAGCTACTCAGCGGCAGGACAACGTATCGATGTGTTACTGAAAGTACGAGAAGGTGCGGTGATATGATCGCGCGCGAACGAGGCGGTACAGGTGTGCTGCCGCATGTCGACATGCAGCGGGTCGGGCGAAAGGTGATCCTGACGTTCACGCTTACCCACACGGCAGTCGGCAGATATTCCGCCGTATTCGGTTGCCAGCGATGTGCAGGCTATGGCGAAGAAACGGGCTGCGGGCCAGCGTGGTCTGAGTTGTTACAGAGGTTCGTCCGGGAACGGGCGTTTTATTATAACACAGTGAGAGGTGACGTGCGTAATGTGTGTTTGCCGTTGCTGTCTTTGACTTGCTGACAGTCACTCCGGCCCGTGCGGATGGGACATGGCACGTTTACGGTGGGCTATTTTCAAGTGACACCGGGTACTTGCCGTAGTTCGGGCGGGGACCGGTATGAGTATCTGTAACGGATTAACTCGATGTACCGTTATGAGCTACGGAGTGTGGGGGGTGATGGCTTCCCTGGGGTTCGCCGGTCGAAAAAAGCAGCCAGTGAGACCGGGGAGGATATTATTTGAGAGCCTGGTGAGTATGTGAGGTGATGGCCGTACCGGTTACAAATCAGTAAGAGGCCAGTGCGTACGTTGGCCGGAGCGGCTCACAGGCGGTGGTCCGGCAGTACAAATGATTACCGTAAGACGGAAATCACTCCCCGGGTATCTATGAAAGGACGACCACTAGTCAGGGACGAAAGTGCAATCGGCATCCTCAGTGGCGTGGACGTGCAGTATACAGATTAACCACAGCGTCCGTCGTTTCGTATCTGCTTTGAAGGCTCCGGCAGTGGCGACTGGCGTCTGACGGATTCACCGTTAGGGTCGGTTATCAATTCTTTAGCGAGGTAACAGTGTTATGACAGCCCGCCGGAACCGGTGGGCTTTTTTGTGGGGAATATGGCAGTGATTATCAGTGTCCTGAAAGACGTCAAGTAAAACCGGTACGGAACTCACCATTCAGCTGAAAGCCAGCGTAACAGCACCACGGTGGTGGTGAACCCGGTGGCGCGAGAATCCGGATTAAGCCGGGCGTTACAGCATGGAGTGTGGAGTAGTCAGTACAGTGTCATCCTGCAGGTTAGTTTTCCACCATCTCACGCCGGGACCATCACCGTGTATGAAGTTACAACCGGGGACGTGAAGTTTTTCTCTGTGCCAATGGCGGAGATGATGCCCGGCCGGAGGTGCGCAGTCGTCGAACGATGGTGGGGTGGCGCGTAACGCGTCCGAGGTGGTACAGAGTAGCAGACGCGACGACATCAGCCGGCGATGCAGTGCATCAGCTGCTCAGCGCGGGCTTGTGACTGATGCAACTGACTCGCACGCGCCGCAAGCACGTCCGCCGCGACAGGCTGCGTCAGCTCAGGAAGCGTCCTCCGGCGCAGAAGCGGCATCAGGCAAAGGCCCTGACGGAAAAAAGTGCCGCAGCCGCGAGCTCAAAAAACGCGGCGGCCACCAGTGCGGTGCGGCGAAAACGTCAGAAGAATGCTGCAGCGTCCAACAACCGCCCCACGTCTGCCTCCACCGCGGCCACGAAAGCGTCAGAGACCTCCACTTCGCACGATGCGGCGCCTCAAAAGAGGAGCAAAATCATCAAAAGGAACGCATCACCAAGTACCGGTCGTGCAGCTTCCTCGGCAACGGCGGCAGAAAATCTCCCAGGGCGGCAAAAACGTCGAACGAATGCCAGGTCATCTGACAGAGCGGAACGGTGCGCGTTGCCCGGCAACGCAAATACAGCGTAGCGCGAGGGATGGTCAACGCCACCACGAAGGCGAAGAGGCCTGCGCAAGACGGTATCAGCATCGCAGAGCACAAAGTGCGGCAGATGCGGCGGCAATACGTGCAAAAAATTGCCAAAACGGCAGAAGATTAGCTTCAGCTGTCGCGTATTGAGATGCGGACACACGAGAAGGGGATAGTGCAGCTCAGCAGACAACACAGCACGTCAGAAACGCTTGCTGCGAGCCAAGGCGGTTAAGGTGGAATGGATAAACGAACAGAAAGCCCACTGACACACGGCACTGACCGAACCACACACCAACCGCGCTCAGGGGAACAAACAATACCCAGATTGCGAACACGCTTTTTACTGGCTGACGTATTGGAGAGTTATCGACCGTCCGACGCACGGAATACGCGAATACTGGCCGCAGCGCTCGGGAATGTCCGGATTTTGCTACACCATGACTTACGCGCTTGCGGTAACAACCGAAGATGCGATACTGACGGCACTGGCAGGCATTCCACGGAAAAAAATTACCGTGTTTTGCGGAAAGATGCGCCAGTCTGACTGCTGACTCAGGTTGGCAGGGATTTCGGCAAAATATTCCGTTGCAGATGTTCTTGAATACCTTGGGGCGTAGAATTCGCCTTTCCCGCAGGTGCGCCGATCCCGTGCCATCGGAATCGTGCCGTCTGGCACGTCTGATGCAGGGGCAGGCGTTTGACAAATCAGCCACCCAAAACTTGCTGTCGCGTAGCCATCGGTTGGTGCTTCCTGATATGGAGGCTGGATATCTAGGGGAAACCCGCCAGCGGTCGTGCTTATTGTCTCGGATCAGGATGGAATTATAATCGCACACCCACAGTCCAGTGCATCAGACGGATTTGGGGACGAAAACCACTCGGTCGTTCTGATTAAGGACGAAACAACAGGCAGTGCGATTACGGCACCAAGATCGACGAATAAGACGGGGGAAGCTCACAATCTGAGCGGTTCAACAGGGGCCGCGGGTACCATGCCCACAAGTGAGATGAACAGTCTGGCTGGAGTCAGTTTGGCAACAGCAACCATTACAGCAAGTTTATCCACAGTTAAAGGAACCAGCACAGCAGGGTATTACTTATTTATCGAAAACGGACAGTCGGGGCCACAGGCACTCATTGTCCGGTACAGCCGTGAGTGTCGGTGCACATGCGCATCAGTTGGTATTGGTGCGCACCAGCATCCGTTGTTATAGTGCTCATGCCCATCTTTCAGTATTGTTCACACACACCAATCACCGTTACGCTGCGGGTAATGCGCAAGAAACCGTCAAAAACTTGCATTTAACTATATTGTGATGCTTGTAATGGCATTCAGAATGAGGTGAACAACCACGGACCATAAAAATTTATAATCTGTTGGCCGGAACTAATGGATTTAAGGTGAAGGTGACGCATATATGCCGCCTCATACCGGTTGCCTGCAAACGTACCGAATGCACCCCAGATATTCCGGCTGGTTTGTGGCTGTTTCAACAGGATGAGGCGTGGTGGCATCCGTTGAGGACCATCGGGGTAAAACCGTTATGACGTGGCTTCCGGCCGACGCGTTATTTATTCTAACTCGGTCGTTACCGGAAAATTTTACCTGGTTATCGCCGGGAGGGAATATCAGAAGTGGAACGGCACAGCTGGGTGTAGGTATACGGAAGCAGAAAACTGTTCCGGATCCGGGACGCGGAAGAAACAATAAAAAGATGATGCAGTACCAGTGAGCATATTGCCGCTCAGGATGCTGCAGATCTGGAAATTGCAACGAAGGAAGAAAGCTCGTTTGAAGCCTGGAAGAAGTATTCGGGTGTTGCTGGACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTATATTAGTGGCCTGCTGCCCTGTTATGGAGTAATCGTTTGTGAGCGCAGAAACGGTATGAAATAACGATCTGCGGTTAGTTAGTA
+>2
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+>84
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+>138
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+>141
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+>144
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+>204
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+>230
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+>231
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+>234
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+>240
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+>243
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+>249
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+>252
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+>255
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+>273
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+>282
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+>285
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+>294
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+>306
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+>333
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+>334
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+>342
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+>344
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+>345
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+>346
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+>348
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+>350
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+>351
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+>354
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+>402
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+>450
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+>461
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+>475
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+>477
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+>480
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+>483
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+>492
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+>494
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+>495
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+>534
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+>594
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+>603
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+>606
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+>650
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+>703
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+>705
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+>744
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+>765
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+>801
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+>804
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+>843
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+>846
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+>858
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+>861
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+>864
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+>866
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+>874
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+>882
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+>883
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+>894
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+>906
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--- /dev/null
+++ b/input_files/read.fa
@@ -0,0 +1,2 @@
+>1
+GTCGGATCGTTCCGGATTGCCGCACCGGCAGCACCGTCGAGGATTGAGCTGACGCCGGGCTATTTTCAGATTACCGCCACGCCGCATCTTGCCGTATGCCCGACGGTACGTTATGAGATCTGGTTCTGGATAAGGCGATTGCGGATATCAGAC
\ No newline at end of file
diff --git a/makefile b/makefile
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..14c765f6abb2cf459741cf06306427fc7190cfdd
--- /dev/null
+++ b/makefile
@@ -0,0 +1,25 @@
+CC = g++
+
+CFLAGS= -O3 -march=native -std=c++11 -Wall
+
+EXEC = index
+OBJ = index.o main.o utils.o
+
+all : $(EXEC) 
+
+index : $(OBJ)
+	$(CC) -o index $^ $(CFLAGS)
+
+index.o: sources/index.cpp
+	$(CC) -o $@ -c $< $(CFLAGS)
+
+main.o: sources/main.cpp
+	$(CC) -o $@ -c $< $(CFLAGS)
+
+utils.o: sources/utils.cpp
+	$(CC) -o $@ -c $< $(CFLAGS)
+
+clean:
+	rm -rf $(EXEC) $(OBJ)
+
+rebuild: clean $(EXEC)
\ No newline at end of file
diff --git a/sources/index.cpp b/sources/index.cpp
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..914d9ead1c54ffe6b7ef0529651d7404f7b4ea28
--- /dev/null
+++ b/sources/index.cpp
@@ -0,0 +1,201 @@
+#include <iostream>
+#include <unordered_map>
+#include <vector>
+#include <string>
+#include <fstream>
+#include "../headers/index.h"
+
+using namespace std;
+using std::find;
+
+Index::Index(string& fastaFilename, int kmerLength){
+    filename = fastaFilename;
+    k = kmerLength;
+}
+
+void Index::set_index(umap& index){
+    this->index = index;
+}
+
+umap Index::get_index(){
+    return this->index;
+}
+
+void Index::set_nb_kmers(uint32_t nb_kmers){
+    this-> nb_kmers = nb_kmers;
+}
+
+uint32_t Index::get_nb_kmers(){
+    return this->nb_kmers;
+}
+
+
+// INDEXATION
+
+void Index::index_fasta(const string& read_file, int k){
+
+    /**
+     * @brief Associate kmers to the reads to which they belong
+     * @param read_file (string) the name of the file containing reads
+     * @param k (int) the kmers length
+     * @return (unordered_map) a hashmap (keys : kmers (string) ; values : vector<int> representing IDs for the reads)
+     */
+
+    umap hmap;
+    uint32_t num_read = 0;
+    ifstream fichier(read_file, ios::in);
+    if(fichier)
+        {   
+            string ligne;
+            while(!fichier.eof()){
+                getline(fichier,ligne);
+                if (ligne[0] != '>' && !ligne.empty()){ // ONLY GET SEQUENCES
+                    for (long unsigned int i=0; i<=ligne.length()-k; i++){
+                        string kmer = ligne.substr(i, k);
+                        hmap[kmer].push_back(num_read); // CHECK IF THE KMER IS ALREADY IN THE HASHMAP AND INSERT
+                    }
+                    num_read ++;
+                }
+            }
+            fichier.close();
+        }
+    else{
+        cerr << "Error opening the file." << endl;
+    }
+    set_nb_kmers(num_read);
+    set_index(hmap);
+}
+
+
+// KMER SCALE
+
+vector<int> Index::query_kmer(const string& kmer){
+
+    /**
+     * @brief Query a k-mer in an index structure.
+     * @param kmer (string) the k-mer we are searching for.
+     * @return (vector<int>) the list of reads in which the k-mer appears.
+     */
+
+    try{
+        return index.at(kmer);
+    }
+    
+    catch(const out_of_range& err) {
+        cerr << "Out of Range error: " << err.what() << '\n';
+        vector<int> v;
+        return v;
+    }
+    
+}
+
+
+// READ SCALE
+
+vect_occ_read Index::query_sequence(const string& sequence){
+
+    /**
+     * @brief Query a read in an index structure. The read will be first divided into k-mers.
+     * @param read (string) the read we'll divide in k-mers and search for in the index.
+     * @return (vector<int, vector<int>>) the list of reads in which the k-mers appears and their number of occurences.
+     */
+
+    vect_occ_read res;
+    unordered_map<int, int> tmp_reads;
+    for (long unsigned int i=0; i<=sequence.length()-this->k; i++){
+        string kmer = sequence.substr(i, this->k);
+        vector<int> reads_of_kmer = query_kmer(kmer);
+        for (auto& idRead : reads_of_kmer){
+            if(tmp_reads.find(idRead) != tmp_reads.end()){
+                tmp_reads[idRead] ++;
+            }
+            else{
+                tmp_reads[idRead] = 1;
+            }
+        }
+    }
+
+    for (auto const &pair: tmp_reads){
+        occ_in_read structRead;
+        structRead.read_id = pair.first;
+        structRead.total_count = pair.second;
+        res.push_back(structRead);
+    }
+
+    return res;
+}
+
+
+// FASTA SCALE
+
+vect_occ_read Index::query_fasta(const string& filename){
+
+    /**
+     * @brief Search, for all the reads in the file, and for all their kmers, in which read they appear.
+     * @param filename (string) the file containing the reads.
+     * @return (vector<vector<occ_in_read>>) for each read, the list of reads in which the kmers appear.
+     */
+    
+    vect_occ_read res;
+    unordered_map<int, int> tmp_reads;
+
+    ifstream fichier(filename, ios::in);
+
+    if(fichier){   
+        string ligne;
+        while( !fichier.eof()){
+            getline(fichier,ligne);
+            if (ligne[0] != '>' && !ligne.empty()){
+                vect_occ_read occ_read = query_sequence(ligne);
+                for (auto& struct_read : occ_read){
+                    int read_id = struct_read.read_id;
+                    int total_count = struct_read.total_count;
+                    if(tmp_reads.find(read_id) != tmp_reads.end()){
+                        tmp_reads[read_id] += total_count;
+                    }
+                    else{
+                        tmp_reads[read_id] = total_count;
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        for (auto const &pair: tmp_reads){
+            occ_in_read structRead;
+            structRead.read_id = pair.first;
+            structRead.total_count = pair.second;
+            res.push_back(structRead);
+        }
+    fichier.close();
+    return res;
+    }
+    else{
+        cerr << "Error opening the file." << endl;
+        return res;
+    }
+}
+
+
+// UTILS
+
+void Index::write_index(const string& output_file){
+
+    /**
+     * @brief Query a k-mer in an index structure.
+     * @param kmer (string) the k-mer we are searching for.
+     * @return (vector<int>) the list of reads in which the k-mer appears.
+     */
+
+    ofstream outp(output_file);
+
+    if (outp){
+        for (auto const &pair: index) {
+            outp << pair.first << ": ";
+            for (int i : pair.second){
+                outp << i << ","; 
+            }
+        outp << "\n";
+        }
+    }
+
+    outp.close();
+}
\ No newline at end of file
diff --git a/sources/main.cpp b/sources/main.cpp
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..87d657eb22b40a048ba55ec15669a84e897e4f67
--- /dev/null
+++ b/sources/main.cpp
@@ -0,0 +1,90 @@
+#include <iostream>
+#include <stdio.h>
+#include <chrono>
+#include <string.h>
+#include <unistd.h>
+#include "../headers/index.h"
+#include "../headers/utils.h"
+
+using namespace std;
+using namespace chrono;
+
+int main(int argc, char *argv[])
+{
+
+    if (argc > 9 || argc <= 2){
+		cout<<"[Fasta file (reads)] [Kmer length] -k [Fasta file (1 kmer)] -s [Fasta file (1 sequence)] -f [Fasta file (several sequences)]" <<endl;
+		exit(0);
+    }
+
+    else{
+        std::string filename(argv[1]); 
+        int k = stoi(argv[2]);
+
+        Index index = Index(filename, k);
+
+        auto start_indexing = high_resolution_clock::now();
+        index.index_fasta(filename, k);
+        auto end_indexing = high_resolution_clock::now();
+        auto indexing = duration_cast<seconds>(end_indexing - start_indexing);
+        cout << "Indexing takes " << indexing.count() << " seconds." << endl;
+        //index.write_index("output_files/test.txt");
+
+        int opt;
+
+        while ((opt = getopt(argc, argv, "k:s:f:")) != EOF)
+        {
+            switch (opt)
+            {
+                case 'k':{
+
+                        // QUERYING KMER
+                    string kmer_to_search = seq_from_fasta(optarg);
+                    auto start_querying_kmer = high_resolution_clock::now();
+                    if (index.get_index().find(kmer_to_search) != index.get_index().end()){
+                        index.query_kmer(kmer_to_search);
+                    }
+                    else{
+                        cout << "The index does not contain this k-mer.";
+                    }
+                    auto end_querying_kmer = high_resolution_clock::now();
+                    auto querying_kmer = duration_cast<seconds>(end_querying_kmer - start_querying_kmer);
+                    cout << "Querying the k-mer takes " << querying_kmer.count() << " seconds." << endl;
+                    break;
+                }
+
+                case 's':{
+                    
+                    // QUERYING SEQUENCE
+                    string seq = seq_from_fasta(optarg);
+                    auto start_querying_seq = high_resolution_clock::now();
+                    index.query_sequence(seq);
+                    auto end_querying_seq = high_resolution_clock::now();
+                    auto querying_seq = duration_cast<seconds>(end_querying_seq - start_querying_seq);
+                    cout << "Querying the sequence takes " << querying_seq.count() << " seconds." << endl;
+                    break;
+                }
+
+
+                case 'f':{
+
+                    // QUERYING FASTA
+                    auto start_querying_fasta = high_resolution_clock::now();
+                    index.query_fasta(optarg);
+                    auto end_querying_fasta = high_resolution_clock::now();
+                    auto querying_fasta = duration_cast<seconds>(end_querying_fasta - start_querying_fasta);
+                    cout << "Querying the Fasta file takes " << querying_fasta.count() << " seconds." << endl;
+                    break;
+                }
+
+                default:{
+                    cout<<"[Fasta file (reads)] [Kmer length] -k [Fasta file (1 kmer)] -s [Fasta file (1 sequence)] -f [Fasta file (several sequences)]" <<endl;
+		            exit(0);
+                }
+            }
+        }
+
+        cout << "Resource usage : " << to_string(getMemorySelfMaxUsed()) << "Ko" << endl;
+    }
+    return 0;
+}
diff --git a/sources/utils.cpp b/sources/utils.cpp
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..b81b256193ff30b98cb7ed2a42682057cedd36b0
--- /dev/null
+++ b/sources/utils.cpp
@@ -0,0 +1,34 @@
+#include <iostream>
+#include <string>
+#include <fstream>
+#include <sys/resource.h>
+#include "../headers/index.h"
+
+using namespace std;
+
+string seq_from_fasta(const string& filename){
+
+    ifstream fichier(filename, ios::in);
+    string seq;
+    if(fichier){   
+        string ligne;
+        while(getline(fichier,ligne)){
+            if (ligne[0] != '>'){
+                seq = ligne;
+            }
+        }
+        fichier.close();
+    }
+    
+    else cerr << "Error opening the file." << endl;
+    return seq;
+}
+
+uint64_t getMemorySelfMaxUsed (){
+	uint64_t result = 0;
+	struct rusage usage;
+	if (getrusage(RUSAGE_SELF, &usage)==0){  
+        result = usage.ru_maxrss;  
+    }
+	return result;
+}
\ No newline at end of file